El primer entrenador fue Bruce Arena, quién asumió en 1996 y dirigió al club hasta 1998. Arena ha ganado dos campeonatos de la MLS Cup, una U.S. Estructuralmente las divisiones inferiores de Boca Juniors tienen como base una división por categorías, según la edad de los distintos canteranos que van desde la 4.ª división hasta la 9.ª división. Allí, junto con Jorge Griffa realizaron una labor muy calificada. Jorge Griffa fue un destacado futbolista de Newell’s Old Boys y uno de los pocos futbolistas argentinos que lograsen emigrar al Viejo Continente en la década del 60. Una vez retirado, se dedicó a la formación de futbolistas en el club que lo vio nacer, Newell’s Old Boys y allí promovió grandes talentos de la talla de Jorge Valdano, Américo Gallego, Ricardo Giusti, Gabriel Batistuta, Fabián Basualdo, Roberto Sensini, Maxi Rodríguez, Walter Samuel, Abel Balbo y Gabriel Heinze. El principal detalle que sobresale en este nuevo jersey es el lema ‘Libertad para soñar’, frase que fue inspirada en uno de los tatuajes de David Beckham y que además fue escrito a mano por Marc Anthony, músico y compositor que lleva una gran relación con el propietario de la institución. Estoy muy feliz de estar acá, de haber elegido esta ciudad y este proyecto.
En el país «cafetero» ostenta 7 escuelas en total, ubicándose una de ellas en Bogotá, tres en la ciudad de Medellín, dos en la ciudad de Bucaramanga y una en Piedecuesta. El famoso predio localizado en San Justo cuenta con una particular historia e importancia para el club «xeneize». Algunos de sus mayores logros en su trabajo en la institución fueron llevar a Juan Román Riquelme a Boca Juniors desde Argentinos Juniors, ya que conocía de su talento desde el trabajo realizado en Club Parque. Cuenta con una institución anexa en la ciudad de Cochabamba. Calahorra a 2ªB dejó una vacante en Tercera División que le fue asignada al equipo de Murillo de Río Leza al haber finalizado en 4ª posición (Primera plaza sin ascenso) en la Regional Preferente. Por su ojo pasaron futbolistas que llegaron a debutar en la Primera División de Argentina tales como Andrés Cubas y Rodrigo Bentancur. Para la zafra de 1995-1996 de la mano de Graziano Dorta y del exjugador retirado en 1982 Carlos Felipe Núñez junto a un grupo de personas muy responsables y comprometidas, nueva camiseta inter miami Portuguesa reaparece en Sub-20 y se queda con el subcampeonato pasando a afrontar la campaña 1996-1997 en Segunda División.
Se le atribuyen, junto a Ramón Maddoni, el descubrimiento de figuras tales como Nicolás Burdisso, Éver Banega, Sebastián Battaglia, Fernando Gago y Carlos Tévez. Se cuenta además con la presencia de la Reserva del equipo, así como una categoría de baby fútbol denominada simplemente Infantil, siendo esta la más baja de todas las categorías, al contar con la presencia de niños. La diferencia entre ambas versiones son los detalles, pues la versión ‘de jugador’ cuenta con detalles más estéticos y una tela más ajustada y de mejor calidad. De esta manera. el «xeneize» cuenta con una fuerte presencia en la formación de jóvenes talentos en Brasil, país conocido por ser uno de los que mayor calidad y cantidad de futbolistas aportan al fútbol mundial. Las divisiones inferiores son una parte transcendental en el funcionamiento del club, quien dispone de buena parte de su presupuesto en estas mismas. Desde abril de 2017 el Club Atlético Boca Juniors realiza sus actividades en cuanto a las divisiones inferiores se refiere en su nueva sede deportiva en la localidad de Ezeiza, Buenos Aires, a tan sólo unos tres kilómetros del famoso predio de Ezeiza de la AFA en donde realiza sus actividades la Selección de fútbol de Argentina con el objetivo de realizar en esta sede el desarrollo del fútbol profesional y amateur en su totalidad.
En esta sede se realizan las actividades de todas las categorías juveniles del club y también las del plantel profesional en sus actividades rutinarias. En 1982, con motivo de la celebración en España del Mundial, se renovaron las dos primeras gradas de la zona de Preferencia (debajo de la tribuna de Voladizo), la tribuna de Fondo y las escaleras laterales de acceso a voladizo. Madurga lleva siete años en el área de captación del club, entre las actividades que realiza se destaca el subirse asiduamente a un micro o a un avión para posar el ojo clínico en 30 mil chicos al año a lo largo de todo el país. A lo largo de la historia del futbol en Estados Unidos, incluso antes de la MLS, han jugado en ese país grandes estrellas del futbol mundial y el argentino es una más. Cabe mencionar que las exitosas incursiones del «xeneize» en la Copa Intercontinental en sus ediciones 2000 y 2003, celebradas en el país provocaron un sentimiento de arraigo para con el equipo argentino, a tal punto de que se fundó una fillial en el «país del sol naciente». En Brasil también se hace presente con un considerable número escuelas de fútbol, un total de 21 escuelas en total repartidas entre las ciudades de Brasilia, Campinas, Santa María, Canoas, Feira de Santana, Fortaleza, Minas Gerais, Guarujá, Cotia, Guarulhos, San Pablo, Londrina, São José do Rio Preto, Canoas, Santos, Santo André, São Carlos y Valinhos.